Супротно националистичким лажним етимологијама које му име интерпретирају као Вилиндар, што нема везе с мозгом (колико та неопаганска и антиправославна реторика иде далеко најбоље показује и лажна етимологија Христовог имена, по којој оно долази од речи “храст” јер је то дрво било свето за Старе Србе), назив Хиландар, верују сами Хиландарци, долази од израза “хиљаде магли” (грч. хили антара) који је заснован на легенди да су магле једном спасиле овај манастир од каталонских гусара (који су се, јер се ништа није видело, онда међусобно побили, осим тројице који су се на крају замонашили као Мануил, Савел и Авив и чије су фреске преживеле). Постоје и алтернативне грчке етимологије које су вероватније, али је ова ипак најсимпатичнија.
Стефан Немања и његов син Растко, будући Свети Сава, саградили су овај манастир на месту рушевина ранијег грчког манастира истог назива који је међутим опустео због гусарских напада. Будући да је Сава тада био искушеник у манастиру Ватопед и Хиландар је првобитно био у његовом склопу (ромејски василевс је на Савину интервенцију пребацио рушевине Хиландара у оквире Ватопеда), све док бивши велики жупан и његов најмлађи син нису скупили подршку осталих светогорских институција (осим самог Ватопеда) и од ромејског цара затражили промену властелинства и уступање Хиландара Србима.
Заправо, иницијатива је формално дошла од светогорског прота (старешине целог Атоса) и манастирске заједнице који су у Цариград због тога послали монаха Никона. Верује се да је права иницијатива дошла од Саве који је уосталом и кренуо са Никоном у Константинопољ.
У писму које су Никон и Сава носили са собом поглавару Византије (како ће историграфија касније назвати Источно римско царство због потребе периодног разграничења са његовим претходницима) наводила се бојазан да Ватопеђани неће бринути за Хиландар и да ће допустити да и он и манастири “око њега” пропадну и ишчезну, да ће се “изгубити успомене славних царева и стараца који су у њима спасли душу своју”.
У писмо су додали и то да су се због тога обратили Немањи и његовом сину Сави “да приме ове манастире као своју имовину и да оснују у њима манастир по својој вољи, као што има и других манастира царства ти по својој Гори, разних народности на пример ивирски и амалфићански”. Ивирски је заправо грузијски, а амалфићански се односи на италијански Амалфи.
Тако је цар Алексије ИИИ Анђео издао нову хрисовуљу, “златну повељу”, којом је даровао древни манастир Хиландар “Србима за вечни поклон” и одредио да он има “служити за примање људи од српског народа, што се одају монашком животу, баш као год што и манастири ивирски и амалфићански постоје на тој Гори, ослобођени од сваке власти па и од саме власти прота те Горе”.
Цар је одредио да ће манастир бити самосталан, својевластан и самоуправан, и да ће сва имања, која су раније припадала Хиландару и другим манастирима на месту Милејама, са келијама, па дошла под власт прота, бити враћена поново Хиландару “као да не беху никад под влашћу прота те Горе већ да постају сад први пут и да су од самог првог постанка добила слободу.”
Након овога је управа Ватопеда – која није желела да се одрекне, не Хиландара, већ тако моћних заштитника и утицајне сабраће као што су били Сава и Немања – понудила да се два манастира уједине и да Сава буде игуман. Сава и Немања су одбили јер су знали да ће то тако бити само док су они живи, а они су имали намеру да Хиландар заиста остане Србима заувек. Тако је и било.
